冷鏈物流基礎設施相對落后是我國冷鏈利用率偏低的主要原因之一，主要表現在以下兩個方面。
 
　　冷藏運輸上，目前我國在冷鏈中用于運輸的專門車輛很大部分來自于海運報廢或即將淘汰的海運冷藏集裝箱，專業化的冷凍冷藏車數量嚴重不足。車輛的制冷技術和工藝比較落后，缺乏規范式的保鮮冷鏈運輸車廂和溫度控制設施，無法為易腐食品的流通提供質量保障。冷藏運輸率，即易腐貨物采用冷藏運輸所占的比例只有10%～20%，而歐、美、日等發達國家均達到80%～90%。但我國每年的冷藏物流損失超過750億元，運輸過程中的高損耗使得整個物流費用占到運輸產品成本的70%，而國際標準上這一指標最高不超過50%。
 
　　冷庫建設上，我國目前冷庫總容量700多萬立方米，相比市場需求而言缺口仍然較大，而且各類冷庫的結構并不合理，大型冷庫項目較多，批發零售冷庫建設相對較少;肉類冷庫建設較多，果蔬冷庫建設還比較落后;城市銷售市場冷庫發展較快，產地加工冷庫建設比較緩慢。
 
　　尚未形成完整體系
 
　　無論是從我國經濟發展的消費內需來看，還是與發達國家相比，我國冷鏈都尚未形成完整的體系。歐美日本等發達國家農產品進入冷鏈系統流通的在90%以上，而我國目前進入冷鏈系統的蔬菜類比重只占到全部蔬菜的5%，肉類只占到15%，水產品也只有23%。即使是使用冷鏈運輸的產品，在從產地到流入集貿市場拆散零賣的過程中冷鏈也存在中斷的現象，并不完整。
 
　　因此，在我國農產品冷鏈物流體系建設中，要特別強調“鏈”的完整性。發展農產品冷鏈不等于盲目建冷庫，而是要從農產品運輸的全過程入手，加強市場對整個鏈條的控制，這需要通過冷鏈中的各個環節之間相互協調、建立完善信息追溯機制和大力發展第三方監控等措施來保證。
 
　　第三方物流拖后腿
 
　　目前，我國的第三方物流還主要是以提供貨物代理、庫存管理、搬運和定向運輸等業務為主，很少有物流企業能夠能提供全面、綜合、集成的冷鏈物流服務。正是由于第三方冷鏈物流的發展滯后，物流服務覆蓋的網絡有限，以及物流信息系統建設緩慢，冷鏈物流的質量、準確性和及時性都難以保證，一方面產生較高的冷鏈物流成本，另一方面又無法避免較高的商品損耗率。因此，多數生產廠家要么止步于第三方冷鏈物流的高成本，要么擔心冷藏物流業務外包后的安全問題，只能是自行經營，或是部分或區域性的外包。其中企業自營冷鏈物流占到了物流總量的80%，只有20%的物流通過第三方來實現。這反過來又在一定程度上阻礙了第三方冷鏈物流的發展。
 
　　如三全、思念等大型食品企業，大多依靠自己的冷鏈物流來完成服務，其擁有自營物流公司并配有多輛冷藏食品車輛。雖然這些車輛的日常維護保養費用十分巨大，而且有一定程度的運力浪費，但大多數第三方物流企業很難達到肉類食品物流配送對時間、儲存條件等方面的要求。
 
　　冷鏈物流標準缺失
 
　　一個行業能夠穩步發展需要相關的國家標準作為保證，以此對已進入市場和即將進入市場的企業進行規范化、標準化管理。
 
　　到目前為止，我國在冷鏈物流上尚無一個統一的可供參考與執行并具有廣泛約束力的標準，例如在冷鏈能損與效率、作業操作規范、食品衛生安全、溫度控制、管理要求、設備標準、運營流程等都方面都沒有明確和統一的規定，從而制約了我國冷鏈物流業的健康發展。
 
　　技術和管理水平不高
 
　　標準的缺失也在一定程度上制約了我國冷鏈物流技術和管理水平的提高。
 
　　目前，我國農產品流通中有效的溫度控制設施仍然缺乏，控制技術有待提高，操作相應設施的專業人員嚴重缺乏，信息流通不暢，冷鏈全過程的運行管理制度亟待建立。在這種情況下，各個環節信息阻塞，冷凍類產品在運輸途中易發生無謂耽擱，風險增多，而應急能力較弱，因此嚴重制約了我國物流業的發展。
 
　　農業發展水平落后
 
　　我國農業仍然以散戶種植為主，機械化和標準化程度較低，產業集中度不高。這對冷鏈的建設提出了嚴峻的挑戰。農產品種植機械化和標準化程度低，導致農產品種植成本較高，產品附加值低，而產地分散，使得冷鏈的效益難以體現出來，在什么地方、什么環節建冷庫也相對難以論證。